Установить родство можно в судебном порядке. Учитывая, что у Вас нет почти никаких документов, то через суд необходимо будет подавать запросы в органы ЗАГС, росреестр. Вам потребуется помощь юриста.
Банк не сможет оспорить дарение дома и магазина. Но отцу для урегулирования отношений с банков необходимо обратиться за помощью к юристу. Возможным выходом из сложившейся ситуации будет применение процедуры банкротства (после 1 июля).