Подавать нужно на ФГУП, оно будет отвечать закрепленным за ним имуществом. Вам я посоветую найти юриста по банкротству, чтобы правильно составить иск в арбитражный суд.
Он же или другое лицо по доверенности от ООО. Если сделка для ООО крупная, то нужно соответствующее решение участников ООО, принятое согласно положениям закона и устава.