До сих пор денежные средства не возвращены

Мы подобрали для вас схожие ситуации:

• Налоговые органы требуют оплатить задолжность по налогам
• В какой налоговой я могу получить ИНН?
• Нужно ли уведомлять ИФНС ПФР об изменениях?
• Имеет ли такой ребенок льготы по налогу на имущество физических лиц?
• Прошу разъяснить, почему мне не начислены взносы в пенсионный фонд?
• Где взять образец претензии предоставляемой в ФНС?

Плохо, что не сохранили второй экземпляр, но поправимо. Сроки давности тут не причем. Ваша декларация за 2006 год была утеряна, но она все равно прошла регистрацию. Утеря произошла не по Вашей вине.
Подайте две отдельные письменные претензии руководству НИ:
1. О возврате средств за 2007/2008 год в десятидневный срок.
2. О восстановлении НДФЛ за 2006 на основе данных журнала учета. Если НИ понадобится, могут восстановить документ с Ваших слов. Срок — 30 дней.
НИ будет обязана письменно ответить на Ваши претензии. Обязательно сохраните у себя копии. Вручите претензии лично под регистрационный номер, или отправьте заказным. Не выполнят или не ответят — в суд с иском о принудительном взыскании. В иске не забудьте указать, что срок пропущен по вине ответчика.

А что же вы ждали так долго? Если у вас есть доказательства, что вы подавали заявление, то возможно взыскать налог в суде, но это будет сложно, теперь срок давности для взыскания и обжалования бездействия истек.
Мой совет: Подать заново на вычет, но за другой период. Для подробного и точного ответа мне надо знать некоторые детали. Подробности при оказании платный услуг консультирования.