Что делать, если заказчик отказывается оплачивать выполненные работы

Добрый день,
я работаю научным сотрудником. Наша группа имеет несколько проектов. По одному из проектов наш Заказчик обязал нас создать отдельную лабораторию для выполнения работ по Договору с целью вести отдельный табель учета рабочего времени. По состоянию на сегодняшний день я работаю в одной лаборатории, которая является основным местом работы, в рамках выполнения работ по Договору и в другой лаборатории по совместительству. Так получилось, что ежегодные оплачиваемые отпуска по этим лабораториям были оформлены в разное время. По работе по совместительству я находился в отпуске летом прошлого года, а по основному месту работы в феврале этого года. При сдаче работ по договору наш Заказчик проверил табели учета рабочего времени не только по лаборатории где велись работы, но и по лаборатории где я оформлен по совместительству. На основании того факта, что я находился в отпуске в лаборатории по совместительству Заказчик требует вернуть уплаченную в этот период времени заработную плату по основной работе (указывая на статью 286 ТК РФ). При этом есть табели учета рабочего времени, что работы действительно проводились в этот период времени и к самим выполненным работам Заказчик претензий не имеет. Правомерны ли требования Заказчика о возврате денежных средств уплаченных за произведенную работу в период времени когда по работе по совместительству я находился в отпуске?