Порядок составление договора между организациями

Здравствуйте, нужен срочно ответ на такой вопрос. Две организации одна государственная другая коммерческая желают заключить договор аренды государственного недвижимого имущества (нежилое здание), государственной организацией проведена независимая оценка арендной платы в соответствии с ФЗ «Об оценочной деятельности». Однако отчет оценщика не устроил коммерческую организацию, в итоге они произвели свою оценку, и ее результат на порядок ниже чем указан в отчете для государственной организации. Стороны решили урегулировать все нюансы путем переговоров, в результате которых пришли ко мнению, что за основу необходимо брать отчет произведенный для коммерческой организации. Все согласились по всем позициям. А теперь сам вопрос, не возникнут ли в дальнейшем вопросы у контролирующих органов, о том, что «почему вы использовали именно отчет коммерческой организации?». Что надо было пользоваться статьей 13 ФЗ «Об оценочной деятельности» и оспаривать ту или иную оценку. Или все же организации решили все по взаимному согласию, и нет необходимости что то оспаривать, потому как спора нет, обе стороны выразили согласие на отчет коммерческой организации и хотят именно его взять за основу арендных платежей.